En el futuro cercano es desarrollado el Sistema Sibyl, que puede analizar el estado mental de la gente y calcular la posibilidad de cometer un crimen. Cuando una persona excede cierto porcentaje, es deber de agentes como Akane Tsunemori rastrearlos, arrestarlos o matarlos si es necesario. El gobierno japonés ha comenzado a exportar el Sistema Sybil a otras partes del mundo, pero los terroristas han encontrado la forma de infiltrarse en Japón a través de él. Akane y su equipo deberán viajar a la isla de Shambala para investigar y tratar de detener al enemigo.